Uno de los cantones más antiguos de la provincia de Los Ríos, se piensa que en esta localidad estaba asentada la tribu de «Los Babas», y en este mismo se erigió la población española luego de la conquista.
En el año 1714, existía una especie de rito obligado para el pueblo español y las colonias, que consistía en prestar juramento solemne al nuevo Rey Fernando VI.
Fue así como el Gobernador envío un mensajero desde Guayaquil a Baba, con el objeto de citar a la gente para que concurra a Guayaquil a prestar juramento de sumisión y fidelidad, a lo que no todos asistieron, tal acción fue juzgada como acto de rebelión.
Por esta razón el pueblo de Baba dictó una ordenanza, declarando fiesta cívica el 15 de septiembre de 1714, fecha en que los babenses negaron el juramento de fidelidad al Rey Fernando XI.Este hecho lo convirtió en una de las ciudades más antiguas de hispanoamerica.
En los primeros años de la conquista, en 1542 fue elevada a la categoría de Tenencia, y tenía como anexos a los pueblos de Palenque, Pimocha y San Lorenzo.
El cantón Baba fue elevado a esta categoría el 12 de octubre de 1858. Tiene como parroquia urbana a Baba. Las parroquias rurales son: Guare e Isla de Bejucal.